Eine jüdische Gemeinde entstand in Zeckendorf im 17. Jahrhundert. Sie entwickelte sich so kontinuierlich und nahm so stark zu, dass 1644 der Sitz des Landesrabbinats für das Hochstift Bamberg nach Zeckendorf verlegt wurde.

Das zahlenmäßige Wachstum der Gemeinde hielt bis in die Mitte des 19. Jahrhunderts an. Die jüdische Gemeinde besaß hier nun eine Synagoge, einen Friedhof, eine jüdische Schule und eine Mikwe.

Mitte des 19. Jahrhunderts setzten starke Migrationsbewegungen in die größeren Städte, aber auch in andere Länder ein, so dass die Zahl der hier lebenden jüdischen Personen sich nun schnell verringerte.

1933 lebten noch 22 Jüdinnen und Juden in Zeckendorf. 1942 wurden 18 Personen aus Zeckendorf nach Izbica deportiert. Das weitere Schicksal und die Umstände ihrer Ermordung sind nicht bekannt. Drei weitere Personen wurden 1942 nach Theresienstadt deportiert und ermordet.